科目结构是整个会计核算的基础。国内外财务软件都是任意定义科目的分段及科目编码长度，一般都能支持六段到九段。但科目结构在不同的国家有不同的规范，因而在不同的财务软件中也就有不同的控制。在科目分类上，国内外有明显的区别。国外财务软件科目体系没有级的概念，所有的科目都是平级的。对会计科目他们只是表达会计要素的信息，诸如资产、负债、现金、费用等，而不包含组织结构等信息。而国内的会计科目的设置，基本上采用的是分级方式。通过对一级科目、二级科目、三级科目等的分段设定，试图在科目的编码上容纳较多的信息，各种业务的核算、财务报表都是通过对会计科目的处理来实现的。国内的财务软件将科目分为五类：资产类、负债类、权益类、成本类和损益类。国外的财务软件象SAP、ORACLE、 JDE都将科目分为两大类：资产负债类和损益类。资产负债类对应于我们的资产类、负债类、权益类三类科目，损益类对应于我们的成本类和损益类两类科目。
国外财务软件科目体系中各科目段可随时增加，组成科目的各段顺序可以任意组合，这样就可以把各个段值作为关键字来生成和查询相关的有意义的报表。例如，如果总账是分三段管理的：第一段为科目段（狭义），第二段为部门段，第三段为区域段。现在要统计各部门在各区域中的销售情况，只要将销售收入科目按这三段进行科目设置，然后再依据各个段的取值进行检索和查询，便可以制作出想要的报表了。在实际设置科目时，国外财务软件一般将部门作为科目编码的第一段，标准四位科目作为科目编码的第二段。如0RCALE、JDE提供的缺省科目设置就是这么设置的。而在我国，科目编码的第一段一般为一级科目。将部门作为科目编码的第一段有什么好处呢？随着管理水平的不断提高，越来越多的管理者希望划小核算单位，核算每一个部门的收支情况。比如一个商贸公司有两个业务部门，这两个业务部门都有自己的业务收入、成本和费用支出。A部门----主营业务收入，A部门----销售成本，A部门----销售费用。如果将业务部门作为科目的第一段，为每个部门分别设置该部门涉及到的收入、成本和费用科目。这样就可以单独考核每个部门的业绩，控制每个部门的费用，从而可以直接给出该业务部门的利润表。如果某部门是资产管理部门，设置了相应的资产、负债、权益类科目的话，还可以直接打印出该部门的资产负债表。在我国，一般将业务部门设置为下一级明细科目（或者直接按部门核算）。比如主营业务收入----A部门，主营业务收入----B部门。这样设置虽然也可以考核部门的业绩，但是不能设置完整的该部门的科目体系，不能直接给出该部门的损益情况或资产负债情况。另外值得说明的是，现在我国也将标准科目编码设置为4位，和国际通用编码保持一致。但尽管也是4位编码，实质上却有很大的不同。我国的一级标准科目编码之间不存在上下级关系，而美国等国家的4位会计编码之间允许有上下级关系。
会计科目结构的不同是国内外财务软件差异最大的地方。由于国内管理型财务软件仍然以总账系统为基础来进行设计，应收、应付、固定资产及物料等子账系统只是对总账的补充，故在定义科目结构时，往往把核算项目作为会计科目的明细级来处理，这样耦合程度太高，使得子账系统总是受制于总账系统，更不能通过科目结构体系构筑一个开放的、可重构和扩展的平台。因此，国内财务软件要实现向ERP管理软件模式的扩展，首先必须对现在的会计科目结构进行调整。
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